Im Jahr 2024 verhandelte der Sanktionsbeirat als unabhängiges Gremium insgesamt 387 Sanktionsfälle. Neben beispielsweise Rügen, zusätzlichen Kontrollen, zeitweisen oder dauerhaften Sperren für das QS-System wurden in 245 Fällen Vertragsstrafen gegen Systempartner verhängt. Die aus diesen vereinnahmten Gelder fließen vollständig in die QS-Wissenschaftsfonds und somit in die finanzielle Förderung von Forschungsprojekten und Untersuchungen zu den Bereichen Lebensmittelsicherheit und Tierschutz. Von 387 verhandelten Fällen entfielen 276 Fälle auf die Systemkette Fleisch und Fleischwaren, weitere 111 Fälle betrafen Systempartner der Systemkette Obst, Gemüse, Kartoffeln.
Auf Basis der Ergebnisse aus den QS-Audits und den Monitoringprogrammen berät der Sanktionsbeirat mehrmals jährlich in seinen Sitzungen die Fälle, in denen QS-Systempartner relevante QS-Anforderungen an die Lebensmittelsicherheit oder den Tierschutz nicht einhalten. Die fünf Mitglieder beraten unter dem Vorsitz eines Richters, ob und gegebenenfalls wie die Verstöße zu ahnden sind. Im Vorfeld der Sitzung besteht für alle betroffenen Systempartner die Möglichkeit, schriftlich zu den festgestellten Verstößen Stellung zu nehmen.