Im QS-System gelten vom Landwirt bis zur Ladentheke spezifische, nachprüfbare Anforderungen für eine verlässliche Qualitätssicherung. Die Kontrolle, ob und wie die Anforderungen umgesetzt werden, übernehmen unabhängige Zertifizierungsstellen mit ihren Auditoren. Zusätzlich führen QS-anerkannte Labore im Rahmen der von Monitoringprogramme umfangreiche Analysen durch. Alle Audit- und Analyseergebnisse werden in den QS-Datenbanken erfasst und dokumentiert. Damit wird die Qualitätssicherung im QS-System transparent und nachvollziehbar.