Systemaudits
Diese werden regelmäßig (bei QS-GAP z. B. jährlich) durchgeführt, damit eine Zertifikatsverlängerung erfolgen kann. Bei Systemaudits werden alle im Leitfaden beschriebenen Anforderungen überprüft. Systemaudits können bis zu einem halben Jahr vor Ablauf des Zertifikats durchgeführt werden, ohne dass sich dies auf die Laufzeit des Zertifikats auswirkt.
Spotaudits
Bei bestimmten Produktionsarten sind zwischen den regulären Systemaudits unangekündigte Spotaudits durchzuführen. Art und Umfang der Durchführung hängt von der jeweiligen Stufe bzw. Produktionsart ab. Für alle Spotaudits gilt: Den Schwerpunkt des Spotaudits bildet die Kontrolle des Produktions- und Handhabungsprozesses, wobei in der Regel nur ausgewählte Kriterien anhand einer verkürzten Checkliste überprüft werden.
Stichprobenaudits
Die Stichprobenaudits stellen eine Ergänzung der regulären Kontrollen dar und werden in den Systemketten Fleisch und Fleischwaren sowie Obst, Gemüse, Kartoffeln durchgeführt. Dabei geht es primär um die Kontrolle der Produktionsabläufe vor Ort.
SIKS-Audits
Um die Integrität und Robustheit des eigenen Systems sicherzustellen und eine gleichbleibende Auditqualität zu gewährleisten, kommt im Rahmen des ständigen internen Kontrollsystems von QS (SIKS) auch die Arbeit der Zertifizierungsstellen und Auditoren auf den Prüfstand. Dazu werden von QS Parallelaudits, Begleitaudits und weitere unangekündigte Stichprobenaudits durchgeführt bzw. beauftragt.
Sonderaudits
In Verdachts-, Krisen- und Ereignisfällen werden von QS unmittelbar Sonderaudits durchgeführt. Auch diese erfolgen in der Regel unangekündigt und sollen den objektiven Tatbestand vor Ort ermitteln.