Schweinemäster im QS-System müssen verpflichtend an einem Salmonellenmonitoring gemäß QS-Vorgaben teilnehmen. Das Salmonellenmonitoring hat zum Ziel, Schweinemastbetriebe zu identifizieren, deren Schweine häufiger Kontakt mit Salmonellen hatten und damit ein erhöhtes Risiko darstellen, Salmonellen in die Fleischproduktion einzutragen. Viermal jährlich werden die Betriebe kategorisiert und in Kategorie I, II oder III eingestuft. In den Leitfäden Salmonellenmonitoring Schwein und Landwirtschaft Schweinehaltung sind Vorgehen und Verantwortlichkeiten beschrieben. Zusätzlich bietet QS Betrieben mit erhöhtem Salmonellenrisiko die Arbeitshilfe Praktische Empfehlungen zur Salmonellenreduktion an. Zusammen mit der Checkliste zur Ermittlung von Salmonelleneintragsquellen in Schweinemastbeständen werden Schweinehalter unterstützt, Salmonelleneintragsquellen zu identifizieren und schrittweise zu reduzieren.
Schweinemastbetriebe, die in Salmonellenkategorie II oder III eingestuft werden, müssen den Hygienestatus des Betriebes prüfen. Der Nachweis kann mit Anlage 8.3 des Leitfadens Salmonellenmonitoring Schwein Checkliste zur Ermittlung von Salmonelleneintragsquellen in Schweinemastbeständen dokumentiert werden. Kategorie-III-Betriebe müssen zusätzlich den betreuenden Tierarzt hinzuziehen und bakteriologische und epidemiologische Untersuchungen durchführen. Außerdem müssen Maßnahmen zur Verminderung der Salmonellenbelastung ergriffen werden.
Mit Hilfe der Anlage 8.2 (Erklärung zur Ad-hoc-Kategorisierung eines Schweinemastbetriebes nach der Umsetzung von Sanierungsmaßnahmen) können Schweinemastbetriebe, die bei der Quartalskategorisierung in die Kategorie III eingestuft wurden, einen Antrag auf ein Ad-hoc-Kategorisierung stellen. Dabei müssen diese Betriebe Angaben darüber machen, welche Maßnahmen mit dem Tierarzt abgestimmt und durchgeführt wurden. Im Anschluss daran muss der Tierhalter Salmonellenproben ziehen lassen, damit eine Ad-hoc-Kategorisierung durchgeführt werden kann.