Im QS-System gibt es verschiedene Audittypen mit unterschiedlichen Schwerpunkten. Das regelmäßige Systemaudit ist die Grundlage für die Zertifizierung und prüft umfassend, ob ein Betrieb alle QS-Anforderungen erfüllt. Ergänzend dazu werden bei bestimmten Produktionsarten zwischen den Systemaudits unangekündigte Spotaudits durchgeführt. Sie konzentrieren sich vor allem auf den Produktionsprozess. Außerdem werden immer wieder auch Stichprobenaudits durchgeführt, um gezielt einzelne Kriterien zu überwachen. Zudem gibt es Parallel- und Begleitaudits. Damit überprüft QS die Arbeit von Zertifizierungsstellen und Auditoren und stärkt die Integrität des Systems. Bei Verdachtsfällen oder Gefahr in Verzug werden Sonderaudits durchgeführt, um den Sachverhalt vor Ort zu ermitteln.