Die erste Kontrollebene im QS-System ist die Eigenkontrolle. Hierbei tragen die Futtermittelunternehmen selbst dafür Sorge, die Einhaltung der QS-Anforderungen zu kontrollieren. So können Abweichungen erkannt und abgestellt werden, bevor sie zu einer Gefahr für die Futtermittelsicherheit werden. Für die Durchführung der jährlichen Eigenkontrollen können, die von QS zur Verfügung gestellten Checklisten genutzt werden. Dabei müssen nicht alle Punkte bearbeitet werden, sondern nur die für den eigenen Betrieb relevanten Anforderungen. Sofern bei der Eigenkontrolle Abweichungen von den QS-Anforderungen festgestellt werden, können in den Checklisten auch die erforderlichen Maßnahmen und deren Umsetzung dokumentiert werden.