Um sicherzustellen, dass im QS-System möglichst einheitlich auditiert wird, überprüft QS regelmäßig auch die Arbeit der Auditoren. Dazu werden unter anderem sogenannte Parallelaudits durchgeführt.

Bei einem Parallelaudit besucht ein QS-Sonderauditor innerhalb von sechs Wochen nach dem regulären Systemaudit einen ausgewählten Betrieb und prüft einzelne Kriterien erneut. Die Auswahl der Betriebe erfolgt stichprobenartig. Anschließend werden die Ergebnisse mit den Bewertungen des vorherigen Audits verglichen. So kann QS nachvollziehen, ob Anforderungen an allen Standorten nach denselben Maßstäben bewertet und dokumentiert werden.

Im Fokus steht somit die Kontrolle der Auditoren, nicht der Betriebe. Deshalb haben Parallelaudits keine Auswirkungen auf den Status. Werden allerdings Abweichungen festgestellt, die bisher nicht erkannt wurden, müssen Korrekturmaßnahmen vereinbart und umgesetzt werden. Im Fall einer K.O.-Bewertung ist eine Nachkontrolle in Form eines weiteren Systemaudits erforderlich.