Im QS-System ist eine kontinuierliche Teilnahme am Salmonellenmonitoring vorgesehen. Wichtig ist, dass keine Beprobungslücken von mehr als sechs Monaten entstehen. Denn: Nur mit einer durchgängigen Beprobung ist eine verlässliche Kategorisierung möglich. In der Regel werden die Proben im QS-Schlachthof direkt am Schlachtkörper gezogen. Sollte das einmal nicht möglich sein, müssen alternativ Leerstandszeiten dokumentiert und bei einer Vermarktung außerhalb des QS-Systems Blutproben im Stall gezogen werden.