Beide Auditformen prüfen die Einhaltung der QS-Anforderungen mit unterschiedlichen Schwerpunkten. Im Systemaudit werden alle Anforderungen für die Systemteilnahme geprüft. Im Fokus stehen die betrieblichen Prozesse. Je nach Tierart, Auditergebnis beziehungsweise QS-Status findet es alle ein, zwei oder drei Jahre statt und wird maximal 48 Stunden vorher angekündigt. Spotaudits sind zusätzliche, unangekündigte Kontrollen zwischen zwei Systemaudits. Anhand einer verkürzten Checkliste prüfen die Auditoren ausgewählte Anforderungen und die tatsächliche Situation vor Ort, etwa im Stall. Spotaudits finden stichprobenhaft statt (10 % der Rinder- und Schweinehalter, 50 % der Geflügelhalter pro Jahr). So ergänzen sich die umfassende Systemprüfung und die gezielte Kontrolle der praktischen Umsetzung im laufenden Betrieb.